マクロスF

ランカの歌の力を借りてバジュラの勢力圏から脱したフロンティア船団だったが、艦内に入り込んでいたバジュラの幼生が大量発生し、船団は航行の継続が困難になるほどの大打撃を受け、数多くの人命が失われる。記憶を取り戻し始め、自身がバジュラと重大な関わりがあることに気づいたランカは、正体を知らずに飼っていたバジュラの幼生を群れに返し、人類との争いを止めるため、友の命を奪ったバジュラを人類の敵と憎むアルトに別れを告げて、バジュラの本星を目指して旅立つ。残されたアルトはシェリルの病状を知り、最期の瞬間まで共に生きることを誓う。混乱に乗じて権力を掌握したフロンティア新政権に疑念を抱くS.M.Sは、アルトら一部の隊員を残して船団を離脱し、独自に戦役の真相を探り始める。